母豬場PRRSV臨床復(fù)發(fā)，對生產(chǎn)者和從業(yè)者來說是一個令人沮喪的現(xiàn)實。單一病毒變異株能夠持續(xù)存在，并在豬群中反復(fù)引發(fā)臨床疫情，而這些豬群本應(yīng)對近期接觸高度相似的基因變異株（同源性≥97%）具有較強(qiáng)的免疫力，但其潛在機(jī)制尚不清楚。本研究系統(tǒng)地識別了母豬場的臨床復(fù)發(fā)病例，并對每次疫情中分離的病毒進(jìn)行全基因組測序，以探究結(jié)構(gòu)蛋白中特定氨基酸位點的替換是否與復(fù)發(fā)相關(guān)。美國某生產(chǎn)系統(tǒng)共享了所有母豬場從2017年1月~2023年3月的流產(chǎn)計數(shù)、疫苗接種史、母豬馴化方案和診斷數(shù)據(jù)。根據(jù)該數(shù)據(jù)集，根據(jù)以下標(biāo)準(zhǔn)識別了各個豬場的臨床復(fù)發(fā)：每周流產(chǎn)數(shù)量首次超過閾值上限，處理液CT值隨之下降，然后在3~12個月內(nèi)每周流產(chǎn)數(shù)量再次超過閾值，且與首次流產(chǎn)高峰的ORF5核苷酸同源性≥97%。對每次流產(chǎn)暴發(fā)事件中的病毒分離株進(jìn)行了全基因組測序。對每對復(fù)發(fā)病例的結(jié)構(gòu)蛋白氨基酸序列進(jìn)行了比較。 結(jié) 果
13個臨床再暴發(fā)事件的病毒分離毒株符合選擇標(biāo)準(zhǔn)（如圖1中的再暴發(fā)案例）。這些事件發(fā)生在12個農(nóng)場，其中一個農(nóng)場經(jīng)歷了兩次不同的再暴發(fā)事件，這些事件由不相關(guān)的病毒變異毒株引起，相隔數(shù)年。再暴發(fā)之間的中位數(shù)天數(shù)為213.5天（IQR=159.8-230.8）。從提交給明尼蘇達(dá)大學(xué)獸醫(yī)診斷實驗室的樣本中獲得了26個全覆蓋（不包括5’和3’非翻譯區(qū)域）的全基因組序列。
在13個再暴發(fā)事件中，每個再暴發(fā)事件的成對比對揭示了一次疑似重組，原病毒毒株和后來臨床暴發(fā)毒株之間發(fā)生的重組。全基因保守序列隨后與PRRSV-2型毒株VR-2332（Genbank ID：NC_038291）進(jìn)行了比對以確定ORFs。ORF1a/1b的變異性最大，其中位數(shù)遺傳距離分別為1.85%（IQR：0.53-4.23%）和2.25%（IQR：0.45-8.28%）。編碼結(jié)構(gòu)蛋白（ORFs2-7）的最容易變異的ORF是ORF5，其中位數(shù)遺傳距離為1.60%（IQR：0.675-1.98%）。
討 論
在多個母豬場中發(fā)現(xiàn)了PRRSV的再次暴發(fā)事件，盡管基因組間具有高度同源性，但在各個母豬場中，許多氨基酸位點在首次暴發(fā)和后續(xù)暴發(fā)之間發(fā)生了變化。這些突變主要集中在結(jié)構(gòu)蛋白上，這些區(qū)域容易被宿主抗體識別，其中包括與實驗室中觀察到的免疫逃逸現(xiàn)象相關(guān)的GP5位點。這項研究填補(bǔ)了人們對PRRSV所有結(jié)構(gòu)蛋白抗原重要性認(rèn)識的空白，并強(qiáng)調(diào)了從母豬群中的PRRSV暴發(fā)中獲取全基因組序列的重要性。 原文鏈接：https://umnswinenews.com/2025/05/02/repeat-offenders-prrsv-2-clinical-re-breaks-from-a-whole-genome-perspective/
