原文標題：Comparing the molecular evolution and recombination patterns of predominant PRRSV-2 lineages co-circulating in China
本研究從Genbank中下載了2023年以前由中國上傳的822個PRRSV基因組序列進行序列分析，并采用ML方法和貝葉斯時間尺度樹（Bayesian time-scaled trees）建立進化樹。此外，對下載的基因組序列應用重組分析和限制性片段長度多態(tài)性分型（Restriction fragment length polymorphism, RFLP）分析其基因多樣性。
遺傳進化分析結果顯示， 豬繁殖與呼吸綜合征病毒（porcine reproductive and respiratory syndrome virus，PRRSV）基因組序列分為兩個主要基因型：PRRSV-1（歐洲株，33條）和PRRSV-2（美洲株，789條）。PRRSV-2分為譜系1、3、5和8，譜系8占主導46.9%，其次為譜系1，占32.7%（圖2）。
本研究共識別出23種獨特的RFLP類型，常見的RFLP類型包括亞譜系8.7的1-4-3亞型、亞譜系3.5的1-3-2亞型、亞譜系5.1的2-5-2亞型、亞譜系1.5的2-5-2亞型以及亞譜系1.8的1-4-4亞型。其檢測趨勢顯示出顯著的時間變化趨勢，隨著時間的推移，新RFLP 類型的數(shù)量逐漸增加（圖 3）。2005-2015年亞譜系8.7占主導地位，但是亞譜系1.8和1.5發(fā)病率分別在2016年和2020年顯著增加，取代亞譜系8.7成為國內(nèi)主要病毒變體。亞譜系5.1和3.5以及PRRSV-1始終維持較低的流行率。不同的譜系/亞譜系發(fā)病率在不同地區(qū)存在差異，如華北和華中主要是譜系8（63.5%、61.3%）、東北是譜系1（55.2%）、華南是譜系3（20.8%）。
重組分析結果如圖4所示，本研究共鑒定出了273個重組事件。2013年之前很少發(fā)生重組，自2014年，亞譜系1.8是重組毒株的主要親本（174/273，63.7%）。最常見的譜系間重組是亞譜系1.8（主要親本）+亞譜系8.7（次親本），其次是亞譜系8.7（主要親本）與亞譜系1.8（次親本）。2021年起，重組更加復雜化，出現(xiàn)三重重組（62.5%），亞譜系1.8（主要親本）+亞譜系8.7（次親本）+亞譜系1.5（次親本）。
來源：Frontiers Microbiology
